極東連隊長官府に配置されている、地方自治区に関わる諸々を担当している部署。中隊扱い。現在置かれている地方自治区の管理および廃止された自治区域との連絡役や後処理などを行う。詳細は各部署の項目を参照。

地方自治区
沙渓市 / 悠里市

弁務官管理課……弁務官団全体の統括、廃止自治区の残務処理、自治区外の地域との渉外など。
沙渓市弁務官団……近畿地方の独立自治区・沙渓市を担当している弁務官団小隊。
悠里市弁務官団……九州地方の独立自治区・悠里市を担当している弁務官団小隊。