極東連隊長官府を纏めている部署。「大本営（中隊）」であるが、実際の運用は下記参照。

極東連隊全体の運営と指揮を担う部署。本来は長官府大隊直下の中隊で、その下に人事部・内政部が存在しているが、長官府内の実業務が細かく分かれていない事や実質長官府全体を指揮していることから、事実上「長官府」と「大本営」はほぼ同じ範囲を差している。尚、人事部も内政部も名目上はその下が更に枝分かれしているが、実運用上では形骸化している。

姜泰明……本編開始時の極東連隊長官。良くも悪くも極東連隊を象徴する人物。
都築康紘……泰明の大学時代からの盟友。長官府の縁の下。
化野祭……雑用係¹⁾。元レッドジャケットでBJ第2部隊と交流が深い。
園田馨……雑用係2号²⁾。古参高等士官の父を持つ。

敦賀文……敦賀忍の父。極東連隊吏務尚書。厳密な所属は技術部開発課第1ラボ。³⁾
仁科宥……G-Spreadに所縁あり、情報全般の掌握に長ける。

明智美樹弥……極東連隊内務尚書。名目上は長官府直下の「第2諜報部」というひとり部署の所属。

甘粕蓮二……内政部管理課所属。
諏訪原穂……甘粕の補佐を担当している管理担当。

大迫ありさ……受付担当。長身のしっかり者。
照喜名葵……受付担当。癒し系。